使用BOD測定儀測量BOD5時的操作步驟如下：
    1、接通培養箱電源，將培養箱上溫度設置顯示溫度為20℃，保持溫度為20℃。把主機放在培養箱上，將BOD主機電源線的一端插入儀器后部插座上，另一端插入培養箱內對應插座上，打開儀器電源開關，儀器前側電源指示燈亮，8只攪拌器正常攪拌。
    2、預先估計被測樣品的BOD5值范圍，選擇接近的量程。如無法估計，有條件的亦可先測定該樣品的COD值，然后根據該樣品COD值來確定該樣品的BOD5值，對BOD5值在1000mg／L以下，含有足夠的需氧微生物的樣品，不需接種，可以直接根據選定的測量范圍，從取水樣量表中查得取樣量。根據所測樣品數量的多少來確定用幾個培養瓶測定其中一個樣品。如果只有兩個水樣，可選擇2～4個培養瓶測定其中一個水樣，預先估計該水樣的BOD5值的范圍，確定每個培養瓶的取樣量，從而確定幾個培養瓶所需的總取樣量。將該水樣上清液倒入燒杯中，如需接種則按5%或10%的比例對水樣接種。在燒杯放入一攪拌子，將燒杯放入培養箱內主機上恒溫攪拌2～3小時。一般情況下調節該水樣的pH值，至6.7～7.5之間。如超出這一范圍，可用適當濃度的氫氧化鈉或硫酸溶液中和。然后用量筒按所選量程取樣量量取水樣體積倒入培養瓶中。同理，可測定另幾個水樣。
    3、每只培養瓶中放入1只攪拌子，培養瓶放在主機相應位置上，對試驗水樣進行攪拌，直至水樣溫度在20℃±1℃范圍內。
    4、取8只清洗干凈并干燥的密封杯，杯中放入5～6粒NaOH或KOH顆粒，將培養瓶放置在主機對應位置上，使溶液開始攪拌，輕輕擰上水柱蓋和培養瓶蓋。
    5、穩定30min～60min，同時擰緊培養瓶蓋和水柱蓋，接著松開固定壓力計刻度尺的旋鈕，并調節刻度尺，使0刻度正好與汞柱的頂端水平重合，然后重新擰緊旋鈕。
    6、如果不能調節到0刻度，再次松開培養瓶蓋和水柱蓋，并重新調整刻度尺的位置。如果仍不能調節到0刻度，可用吸耳球在培養瓶接頭塑料管入口處反復小心抽吸，直至汞柱中沒有氣隙，刻度尺調節到0刻度。然后擰緊培養瓶蓋和水柱蓋。零刻度調節后，汞柱的高度在1小時內可能會有所上升或下降，若偏離了零刻度重新調整0點。這種現象可能是由于培養瓶中空氣膨脹或收縮所引起的。
    7、在坐標圖紙上畫出各個樣品BOD5—t曲線，從曲線上，可判定測量開始后120小時內任一時間樣品BOD5的數值。