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[新品]換個思路,高通量提取核酸

發布時間:2018-09-13瀏覽次數:1460返回列表

 

      核酸純化,幾乎是每個實驗室都離不開的工作。如今,隨著克隆和測序等各項技術的進步,核酸純化的規模越來越小,但樣品卻越來越多。市場上雖有多種All-in-One的試劑盒可供選擇,但在方便的同時,也增加了成本。如果樣品量大,這筆賬還是需要算一算的。其實,我們不妨換個思路。


質粒DNA提取

      以質粒DNA為例,利用硅膠柱來提取是常規的思路。不過,在邁向高通量的進程中,這種方式遇到了一點小問題,不容易自動化。你想,現在連汽車都無人駕駛了,還要勞駕我們的科學家去手動處理96個樣品?其實,利用多功能的濾板,人們已經開發出簡化的質粒提取方案,可實現半自動和全自動的操作。


      也許你沒有想過,當提取通量大大上升之后,過去的那些經驗已經不適用了。比如,在去除細胞碎片時,離心曾經是xuan方法。然而,當樣品從1個變為100個,離心法會引發許多問題。先,在多孔板中沉淀細胞碎片和回收上清十分困難。其次,離心時間長,需要特殊的離心機或轉子。不過,zui嚴重的問題是絮狀沉淀可能抓住了大量的質粒DNA。


     這時,利用真空過濾對裂解液進行澄清,是一種更加快速而的選擇。Pall公司的AcroPrep Advance裂解液澄清濾板的孔徑較大,能夠對含有大微粒的樣品進行一致的過濾,并防止堵塞。此外,濾板采用的幾何結構,滯留量更少,過濾速度更快。它可以實現DNA的完全回收,而不用擔心樣本損失。一旦澄清,樣品可立即用于質粒純化。


      在裂解細胞后,下一步就是DNA結合了。基于硅膠的介質和玻璃纖維膜已成為標配。離液鹽促進了DNA與介質相結合,方便后續的雜質洗滌,以及用中性溶液洗脫DNA。此時,可以選擇帶有硅膠介質的濾板,通過真空過濾或離心輕松處理多個樣品,產生所需量的質粒DNA。


      目前市場上有許多種玻璃纖維過濾板,但它們的表現不盡相同。對于研究人員而言,DNA產量當然是越高越好,特別是在處理珍貴樣品時。用于DNA提純的AcroPrep Advance濾板,就是為了DNA結合而優化的。它具有強吸附能力,與同類產品相比,至少能多結合50%的DNA。

       從1 mL(Pall和競爭公司M)或1.5 mL(競爭公司W)隔夜培養的DH5α開始,使用的DNA提純濾板,并測定pCAT質粒的產量(OD260)。提純過程按照濾板廠商的標準操作。誤差線表明標準誤差(n ≥ 6)。

      AcroPrep Advance濾板不僅產量高,而且質量好。實驗證明,純化所得的質粒DNA的OD260/280比值達到1.97,適合測序和克隆等苛刻的下游應用。此外,這種濾板還采用的出口幾何結構,讓樣品直接流到接受盤,而無需擔心交叉污染。


     至于質粒DNA的洗脫,你可以選擇真空過濾或離心的方式。根據實驗數據,離心后的濃度和體積都略高于真空過濾。不過,如果你希望將質粒DNA提取的整個過程自動化,可以選擇真空操作,將一切都交給帶有真空過濾的液體處理系統。


基因組提取

      對于血站和醫院來說,處理大量血液樣本更是家常便飯。血液作為臨床多種疾病檢測的理想標本,其基因組DNA提取對癌癥、炎癥、傳染病等檢測有著十分重要的影響。傳統的提取方法費時費力,而且效果不大穩定,而商業化試劑盒雖然效guo好,但費用也高。


      這時,不妨換個思路,試試單獨的DNA結合濾板,再加上各個公司的緩沖液。據Pall公司的科學家介紹,與完整的試劑盒相比,這種方案能夠節省50%的費用,同時也為提取過程增添了靈活性。你可以根據特定的需求來選擇特定的產品。


     Pall的科學家曾借助Eppendorf的epMotion液體處理系統,利用AcroPrep Advance DNA結合濾板和QIAGEN的緩沖液從全血中提取gDNA,以確定這種方法的重復性和一致性。結果表明,六塊Pall濾板的DNA回收率在71-86%,說明純化過程的重復性良好。DNA純度也相當高,六塊濾板的OD260/280比值在1.73-1.83。


      這些結果表明,AcroPrep Advance DNA結合濾板可與商業化的緩沖液結合使用,帶來優質而輕松的基因組DNA提取。與商業化的試劑盒相比,這種方法可大大節省實驗的成本,同時又不犧牲DNA的產量、純度或質量。




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