食品檢測儀主要是用來檢測、檢驗和分析食品中有毒、有害物質，現有的食品檢測儀主要有以下幾類：

①農藥殘留檢測儀器：主要是氣相色譜儀(GC)加液相色譜儀(HPLC)輔助檢測，當物質較為簡單時，用氣相色譜與質譜聯用儀(GC–MS)定性檢測，當基質較為復雜時，用 LC–MS 甚至用 GC–MS–MS 確證。

②有害化合物殘留、漁藥和獸藥殘留檢測儀器：由于這類殘留物較復雜，一般用液相色譜儀進行檢測為主，以氣象色譜儀、離子色譜(IC)、薄層色譜(TLC)等輔助檢測。當需要做多種殘留快的速檢驗，均用 LC–MS–MS。

③有害元素及其價態的檢測儀器：常用的檢測儀器是原子熒光光譜儀(AFS)、原子吸收光譜儀(AAS)、電感耦合等離子光譜儀(ICP)和具有高靈敏度的 ICP–MS；為鑒定元素的價態，一般采用元素分析儀與色譜分離系統聯用。

④細菌病源性檢測儀器：的檢測儀器是用鏡檢和菌落計數器等，目前用于細菌、致病菌鑒定的儀器有六種以上。廣為應用的儀器包括基因檢測儀器、碳源代謝利用率檢測儀器、生物芯片平臺、基于表面等離子諧振(SPR)儀器及基于細菌特征脂肪酸譜的儀器。

⑤微生物毒素檢測儀器：目前使用較多的是酶標儀、薄層色譜儀、黃曲霉素測定儀等，內源毒素類可用液相色譜儀或分光光度計檢測；近年來海洋生物毒素的檢測運用液相色譜儀以及 CE 和 CE–MS 聯用儀檢測。

⑥轉基因產品檢測儀器：主要方法包括基因轉錄水平和基因水平的檢測，主要使用離心機等制備基因樣品的設備，用基因擴增儀(PCR)和酶標儀、電泳系統等進行分離、分析和檢測的儀器。

⑦樣品前期處理的儀器：食品安分析、檢驗是在復雜的樣品中進行檢測，微量的殘留物和污染物，采用的樣品前期處理儀器會使測量精度降低，甚至無法檢測出污染物濃度，因此須采用新生產的樣品前期處理儀器設備，目前使用較多的如固相萃取儀（SPE）、凝膠滲析萃取儀（GPC）、基質固相分散萃取儀（MSPDE）、固相微萃取儀（SPME）、超臨界萃取儀（sFE）等新儀器。

⑧食品和營養成分的檢測儀器：食品指標包括營養價值概念和食品安性的概念兩方面。常用來檢測的儀器有維生素測定儀、蛋白質測定儀、脂肪測定儀、氨基酸測定儀和微量元素測定儀等。

⑨快速、現場檢測設備：大量快速篩查的檢測設備，生產現場在線質控儀器和現場速測儀。

⑩實驗室備的中、小型檢測儀器設備。