脈動真空滅菌器主要用于對空腔物品及器具等進行蒸汽滅菌。在制藥行業中可對瓶塞、操作工具、大量的工作服等不需降溫防爆的布類物品或藥品進行滅菌，也可用于制藥行業中生產衛生材料、敷料、器械等產品的單位作滅菌設備，可用于藥材的滅菌、熏蒸和烘干。也可用于食品滅菌。 密封門設有電氣和機械壓力安全連鎖裝置，當滅菌室內有壓力時密封門不能被打開，確保設備及操作者人身安全。是利用飽和蒸汽在冷凝時釋放出大量潛熱的物理特性，使待滅菌的物品處于高溫和潮濕的狀態，經過一段時間的保溫從而達到滅菌的目的。利用的是高溫飽和蒸汽穿透力強的特性。如何保證脈動真空滅菌器的滅菌質量？
脈動真空蒸汽滅菌器對冷空氣排出比較徹底，一般脈動三次，每次脈動-80Kpa以下，從而使滅菌室內排出冷空氣達到99%以上，滅菌室內溫度一致性高，內室抽空，夾層保持一定壓力溫度，還能使滅菌物品干燥。避免二次感染。故而廣泛應用于耐熱、耐濕物品滅菌。 
被滅菌物體在滅菌前的清潔處理是滅菌成功的關鍵，尤其是一些比較難清洗的醫療用品是如此，國外曾研究發現徹底的清潔可以降低3―4個對數的細菌量，可容易達到降低有機物的含量；如果不能有效地清除有機物等污染物，它會大大降低滅菌劑的活性，躲藏在有機物內的細菌不易被滅菌劑殺死；因此如果清潔不徹底，整個滅菌過程可能失敗。必須注意的是，不能通過延長滅菌時間和提高滅菌劑的溫度來降低清潔要求；為了便于有效地將有機物去除，好采用含酶清潔劑，以加強清潔的效果。清洗有手工清洗和機器清洗。手工清洗費時費力，不能保證每一次清洗的一致性。此外手工清洗時滅菌醫務人員必須戴防水口罩、眼罩、手套、套、帽子、防水鞋、圍裙等；機器清洗則投資大，但可以保證清洗的一致性；但必須注意的是；機器清洗并不能全部代替手工清洗，對于某些管道、儀器和教難清洗部位必須手工清洗；此外對于清洗設備必須經常清洗和保養以免機器清洗失敗。 
蒸汽干燥度是蒸汽性質的另一個要求，按照實踐所知，飽和蒸汽的含量不得低于97%。也就是說，蒸汽源中所含的水微粒或不潔凈物應低于3%。否則容易引起濕包現象，導致滅菌失敗。一般蒸汽源壓力在0.3-0.5Mpa。啟動滅菌器前先將管道中的冷凝水排放掉，尤其對于長距離輸送來的蒸汽，滅菌器前可裝汽水分離器。滅菌過程中注意觀察壓力和溫度的對應關系。一定飽和蒸汽壓力與溫度存在對應關系，便可推斷出蒸汽源的質量。 
水的硬度分為兩類：其一，暫時硬度，只要由鈣、鎂的重碳酸鹽等形成；其二，主要由鈣與鎂的硫酸鹽、硝酸鹽及氯化物等形成的硬度，它不能用煮沸的方法去除，故又成為硬度。因為消毒滅菌器設備長期處于濕熱的條件下工作水中的雜質如溶解氧、二氧化碳、硫化氫、氯化物等等，無論是氣態或微粒，均能引起不銹鋼和金屬產生晶間腐蝕。因此要求消毒滅菌器設備的供水和供汽的PH值在7-7.8之間，鍋爐用水和消毒滅菌器設備用水必須進行軟化水處理。
使用脈動真空滅菌器滅菌時，應盡量將同類物品一批滅菌，并避免將器械包直接接觸棉織品包。如必須將不同類物品一起裝放，則應以難達到滅菌物品所需的溫度和時間為準。 
總之要獲得可靠地滅菌效果，除了滅菌器本身的設計、制造質量以及對滅菌器的完善的維護保養以外，對于消毒滅菌工作人員正確掌握消毒與滅菌的基礎知識，熟悉滅菌器的工作原理，嚴格消毒滅菌工作的操作規范，認真對待每一項與滅菌有關的規定，是獲得滅菌成功的關鍵因素。