不同菌株應采用不同的保藏方法，可選擇使用凍干保藏、利用多孔磁珠 在-70℃保藏、使用液氮保藏或其他有效的保藏方法。那么，質控菌種的保藏方法有哪些呢？
1、長期保存法
(1)低溫冷凍保存法
  厭氧菌在低溫條件下新陳代謝處于抑制狀態，不繁殖也不死亡。培養基包括脫纖維羊血、兔血或馬血，20%脫脂牛乳，7.5%葡萄糖的馬血清。
  將待保存菌株(培養24-48h)加入上述培養基中，封好瓶口，置-70℃液氮或-70℃低溫冰箱中保存。菌種不同，保存時間也有差異，zui長可保存10年，zui短可保存2年以上。
(2)冷凍真空干燥法
冷凍真空干燥法的培養基(保存劑)有以下2種。10%-20%脫脂牛奶加入0.1%的谷氨酸鈉和0.03%的L-半胱氨酸，煮沸15min消毒，冷卻備用。10%蔗糖與馬血清的混合液，過濾滅菌，并置厭氧環境中預還原，分裝備用。

將培養基48h左右(處于生長靜止期)的厭氧菌落或菌苔刮下，加入一定量的上述培養基，混勻分裝于安瓿中，置-20℃低溫冰箱中迅速凍結，再放入冷凍干燥機內，抽真空16-24小時，然后將安瓿封口，置4℃環境下長期保存。

2、短期保存法
(1)皰肉培養基保存法：用牛肉渣和牛肉浸出液制成皰肉培養管，接種待保存菌株，然后在液體表面覆蓋1-50px的石蠟，再將培養基垂直放置片刻，待石蠟凝固置35℃培養(無芽孢厭氧培養72h，普通梭菌培養24h，產期莢膜梭菌和多枝梭菌培養2周左右)，zui后置室溫或-20℃保存。發酵糖類的厭氧菌每個月轉種1次，不發酵糖類的厭氧菌3-6個月轉種1次。
(2)半固體培養基保存法：在上述液體培養基中加入0.2%-0.5%瓊脂，制成半固體培養基，接種時用毛細管將待保存的厭氧菌的菌液加入半固體培養管底，表面加入1-50px厚度的液體石蠟，密封管口，35℃培養48小時，置室溫或-20℃保存。
(3)丙三醇乳劑培養基保存法在厭氧菌液體培養基(含胰蛋白胨、牛肉膏、酵母浸粉、L半胱氨酸和維生素k等)中加入少量牛肉渣分裝于長試管中，接種待保存菌株，置35℃培養48-72h，取出后加入無菌丙三醇(按1:1比例)，蓋緊蓋子后用石蠟封口，置4℃或-20℃保存。此法適用于保存脆弱擬桿菌、產黑色素普雷沃菌和具核梭桿菌。