菌種是指食用菌、工業菌、農用菌菌絲體及其生長基質組成的繁殖材料。菌種是從事微生物學及生命科學研究的基本材料，在醫學領域中，診斷制品的制備，菌苗的生產、微生物致病性研究，藥物的抑菌試驗及藥品微生物檢驗等都有一套完整的菌種菌種分為母種（一級種）、原種（二級種）和栽培種（三級種）三級。
    用于發酵過程作為活細胞催化劑的微生物，包括細菌、放線菌、酵母菌和霉菌四大類。來源于自然界大量的微生物，從中經分離并篩選出有用菌種，再加以改良，貯存待用于生產。
    劣質菌種先表現為外觀形態不正常，如表面皺縮，不平展，不舒展，長速變慢；氣生菌絲雪花狀、粉狀、凌亂、倒伏，生長勢變弱；有的是氣生菌絲變多、變少或沒有；菌絲不是正常的白色，而是呈現微黃色、淺褐色或其他色澤，或由鮮亮變暗淡；有的分泌色素吐黃水；菌體干縮、色澤暗淡、上下色澤不一致、表面有原基或小菇也是劣種的表現。
    菌種栽培后，你無法像培育花草那樣用肉眼輕易地辨識它長得是否茁壯，那么怎樣快速判斷菌種是優質還是劣質？以下幾點可以讓你辨識菌種質量：
    1、螨害 在我國南方，菌種的螨害時常發生。螨害主要來自培養場所的不潔，菌種培養期從瓶（袋）口向里鉆，咬食菌絲。有螨危害的菌種在瓶（袋）內壁可見到微小的顆粒，小得像粉塵，菌種表面沒有明顯的菌膜，培養料常呈裸露狀態。肉眼觀察不清時可以用放大鏡仔細觀察。
    2、老化 老化菌種的特征是外觀發干，菌絲干癟，甚至表面出現菌皮，或有粉狀物，菌體干縮，與瓶（袋）分離，還可能有黃水。
    3、污染 污染有兩種情況，一是霉菌污染，而是細菌污染。霉菌污染比較易于鑒別，污染菌種的霉菌孢子幾乎都是有色的，常見顏色有綠、灰綠、黑、黑褐、灰、灰褐、橘紅等。有時霉菌污染后又被食用菌菌絲蓋住，這種情況下仔細觀察可以見到淺黃色的拮抗線。細菌則較難鑒別。細菌污染不像霉菌那樣菌落長在表面，一看便知，而是分散在料內。有細菌污染的菌種外觀不夠白、甚至灰暗，菌絲纖細、較稀疏，不鮮活，常上下色澤不均一，上暗下白，打開瓶塞菇香味很淡。
    4、長相和活力 優質菌種外觀水靈、鮮活、飽滿，菌絲旺盛、整齊、均勻（蜜環菌除外）這是菌絲細胞生命力強、有較強生長勢的表現，是品種種性優良、菌種優質的重要標志。相反，則表明該品種已老化，不宜投入生產使用。